北京生物医药研究所是卫计委直属的以药品、保健食品及微生物资源的研究与开发为主的综合性研究所，除完成卫计委下达的研究任务外，还承担其它部委和企事业单位委托的研究项目。

研究所药物方向主要从事药品和保健食品的开发，涉及天然产物活性成分分离与鉴定、动物药效及安全性评价、药物剂型研究、药物分析及质量标准建立等多个方向，也承担药品生产企业的委托研究及项目合作开发。微生物方向主要瞄准微生物学科前沿，开展微生物学资源的基础和应用研究，以菌种资源收集、微生物发酵技术、代谢产物提取、微生物分析检测为主要研究领域，注重对微生物资源的发现及开发利用。